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曾在博狂兩派機械人大戰中拯救人類的韋森（沙拉保夫 飾），將獨個兒升讀大學，並決意與好友大黃蜂道別，重過平凡日子。但天意弄人，他的腦海中突然浮現古怪符號，原來與變形金剛的先祖有關，旋即引來以麥加登為首的狂派大軍追捕！ 身陷囹圄的韋森最後接受現實，再次與柯柏文，大黃蜂及一眾博派成員合作，阻止狂派毀滅世界的陰謀。...

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2003年，小獵犬二號火星探測船發射升空，其後太空總署發表聲明指探測船不幸墜毀，但原來當局在肇事前曾成功聯絡探測船，當中一段影片記錄被列為最高機密──一個巨大的人形黑影向探測船展開襲擊，預示人類即將面臨一場前所未見的可怕戰禍！在宇宙中鬥爭多年的兩個外星種族「博派」和「狂派」，他們的戰火已經蔓延至太陽系的地球！雖然正義的「博派」將盡力保衛人類，但勢力更龐大的奸險「狂派」為了戰勝，不惜以人類為攻擊目標！人類被捲進兩股擁有恐怖破壞力的異星軍團鬥爭中，是否只能無助地任由宰割？...

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今集博、狂兩派將戰線推向宇宙，由地球打到上月球！韋森 (沙拉保夫 飾) 轉瞬已大學畢業，並結識了新女友卡莉 (露絲亨廷頓韋莉 飾)，正當他的生活揭開新一頁，地球又再爆發驚天巨變！上世紀六十年代的太空競賽，原來另有黑暗秘密---為首的狂派又再作惡，這場關乎人類生死存亡的終極大戰，柯柏文等博派戰士能否穩守最後防線？...

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